Turni di LaboraTorio

• Le lezioni di laboratorio si terranno ogni giovedì, e dopo le lezioni di teoria di lunedì e mercoledì.
• Sono previsti 2 turni di laboratorio:

• Turno A: visualizza l'elenco -> LabTurnoA.pdf
  • Lu 11,15-13
  • Gio 9,15 - 11
• Turno B: visualizza l'elenco -> LabTurnoB.pdf
  • Me 11,15-13
  • Gio 11,15 - 13

   

ModaliTà d'esame

• Prova scritta sugli argomenti visti a lezione;
• Successivo colloquio in laboratorio, comprendente anche un esercizio pratico al calcolatore in cui si dovrà dimostrare di avere acquisito una certa abilità nell’uso del calcolatore e conoscenza di base degli applicativi/strumenti visti insieme in laboratorio. Il punto di partenza di questa verifica pratica sarà un esercizio, il cui testo verrà reso noto alla fine del corso, che svolgerete a casa e porterete all'esame su un floppy disk/pen-drive USB.
• Scarica l'ESERCIZIO DA PORTARE ALL'ORALE, a.a. 2004-2005: EsameLab-0405.pdf
• Per gli studenti degli scorsi anni: contattate il docente per avere il testo dell'esercizio da portare all'orale
• ESEMPIO di PROVA SCRITTA Scarica una delle prove scritte dell'anno accademico precedente: scritto020204.pdf. Ovviamente i contenuti relativi alla prova di quest'anno sono relativi al programma svolto a lezione che di anno in anno può subire qualche variazione.

Appelli d'Esame

Appelli SETTEMBRE 2005

• I appello 9 SETTEMBRE:
  • SCRITTO: 9/9/05 h 14;
    ORALE: in laboratorio il 13/9 a partire dalle 14,30 secondo l'ordine pubblicato insieme ai risultati dello scritto.
• II appello 26 SETTEMBRE:
  • SCRITTO: 26/9/05 h 11;
  • ORALE in laboratorio il 29/9 a partire dalle 14,30 secondo l'ordine pubblicato insieme ai risultati dello scritto.

News

• ESITI dello SCRITTO del 26/9/05:
  gli orali si terranno martedì 13 settembre alle 14,30
• E' attivo un SERVIZIO e-mail PER STUDENTI. Per saperne di più consultate la pagina web informativa

• Il corso si propone di fornire un’introduzione generale all’informatica e all’uso dei calcolatori, e di fornire altresì conoscenza pratica su alcuni dei più diffusi strumenti informatici di supporto alla produttività personale, insieme a una panoramica su strumenti specifici per la gestione/analisi di dati biologici.
  
• Il corso si articola in due parti:
  • una parte generale teorica per l’introduzione dei concetti fondamentali e la creazione di una conoscenza di base sui principi della tecnologia dell’informazione;
  • una parte applicativa/sperimentale in laboratorio che da un lato prevede la sperimentazione di programmi applicativi per l’elaborazione di testi (cenni), fogli elettronici (più in dettaglio), basi di dati (cenni), dall’altro si propone di offrire una panoramica introduttiva degli strumenti informatici per la biologia disponibili in rete (banche dati biologiche; programmi per l'allinemento di sequenze).

Orario

• Le lezioni di TEORIA inizieranno lunedì 8 novembre (sede Wild - A3)
• Le lezioni di LABORATORIO inizieranno lunedì 15 novembre (aula informatica, I piano)
• 1 settimana, dall' 8 all'11 novembre:
  Lu,Me,Gio: 9 - 11;
• Dal 15 novembre al 9 dicembre,
  TEORIA:
  Lu, Me: 9-11;
  LABORATORIO:
  • TURNO A: Lu 11,15 -13;
    Gio 9,15 -11
  • TURNO B: Me 11,15-13;
    Gio 11,15-13
• Ultima settimana, SOLO TEORIA
  • Lu 13/12, 9-13
  • Me 15/12, 9-11

   

• Parte generale
  - Introduzione ai concetti di base dell’informatica, degli elaboratori elettronici e delle comunicazioni;
  - L’informazione (testo, numeri, immagini, suoni,...) e la sua rappresentazione digitale;
  - Architettura hardware dell’elaboratore;
  - Software, software di base e sistemi operativi;
  - Introduzione alle basi di dati;
  - Reti di calcolatori e Internet;

• Parte applicativa/sperimentale
  - Alfabetizzazione: uso di programmi applicativi per la gestione di fogli elettronici; cenni su programmi applicativi per le basi di dati e l'elaborazione di testi
  - Introduzione all’uso di strumenti informatici per problematiche biologiche: basi di dati biologiche; programmi per l'allineamento di sequenze
  

LaboraTorio
AlTro MaTeriale

• I lucidi usati a lezione li trovate
  nella sezione
  "Agenda delle lezioni e materiale didattico" qui a fianco
• Qui di seguito troverete dell'ulteriore materiale sotto forma di DISPENSE,
  che può esservi utile per approfondire la conoscenza sugli applicativi che vedremo a lezione e sul sistema operativo Windows.
  Le dispense sono state realizzate da C. Bosco, R. Damiano, C. Gena,
  V. Lanfranchi, V. Patti e G. Taddeo
• Appunti su Basi di Windows:
  dipenseWindows.zip, 348 KB
• Appunti su Microsoft Word:
  dispenseWord.pdf, 605 KB
• Appunti su Microsoft Excel:
  dispenseExcel.pdf, 217KB
• Appunti sulla posta elettronica:
  dispenseEmail.pdf , 406 KB
  

Agenda delle Lezioni e MaTeriale didaTTico

Il materiale è disponibile in formato PDF

• Presentazione del Corso (Presentazione0405.pdf, 8 novembre)
• Introduzione alle tecnologie informatiche (Introduzione0405.pdf - 2 ucidi per pagina, 8 novembre)
  Cap 1 del testo di base (testo A, Tecnologie dell'informazione e della comunicazione)
• Software, sistemi operativi, introduzione al software applicativo (Software0405.pdf, 2 lucidi per pagina, 10 novembre): dal cap.3 del testo di base, 3.1 - 3.2 - 3.3 (testo A, Tecnologie dell'informazione e della comunicazione).
• Codifica dell'informazione (I parte): rappresentazione binaria dell'informazione, codifica digitale di caratteri e numeri (CodificaInfo1-0405.pdf, 11 novembre)
  Sui testi di approfondimento: dal cap 2 del Console Ribaudo, leggere i paragrafi 2.1 - 2.2. fino a pag.16 (Testo C, Introduzione all'informatica).

• Codifica dell'informazione (II parte): codifica digitale di immagini, suoni, video (CodificaInfo2-0405.pdf, 15 novembre);
  Sui testi di approfondimento: dal cap 2 del Console Ribaudo, leggere i paragrafi 2.3 - 2.4. (Testo C, Introduzione all'informatica).
• Esercitazione 1 in laboratorio: Microsoft Excel - I parte (lucidi: LabExcel1.pdf). Argomenti:
  1. FONDAMENTI di Excel: interfaccia di un foglio Excel (fogli di lavoro e barre strumenti); identificatione e selezione di celle; formato di righe e colonne; unione celle; tipi di dati: caratteri, formati numerici, date
  2. FORMULE: semplici espressioni aritmetiche; riferimenti assoluti e relativi
  3. ESEMPI di APPLICAZIONE: serie di Fibonacci, equazione di una retta, equazione parametrica di una retta
  4: ESERCIZI: equazione del moto rettilineo uniforme, tavola pitagorica
• Esercitazione in aula sulla parte di codifica dell'informazione. Scarica il testo dell'esercitazione: Esercitazione1.pdf.
• Esercitazione 2 in laboratorio: Microsoft Excel - II parte (lucidi: LabExcel2.pdf) Argomenti:
  1. DATI: importare dati da un file esterno in un foglio di lavoro; ordinare i dati di una tabella
  2. CELLE: definizione di nomi per celle e gruppi di celle
  3. FUNZIONI PREDEFINITE: somma automatica; funzioni statistiche: MAX, MIN, MEDIA, CONTA.SE, COS
  4. ESEMPI diAPPLICAZIONE: triangolo di Tartaglia, la funzione periodica coseno (funzione COS), equazione logistica per misurare la crescita della popolazione

• Hardware (I parte): analisi funzionale dell'elaboratore; analisi delle componenti: processori e dispositivi di memoria principale, chip di memoria elettronica (Hardware1-0405.pdf, 22 novembre);
  Cap. 4, par. 4.1 del testo di base (testo A, Tecnologie dell'informazione e della comunicazione).
• Hardware (II parte): analisi delle componenti: dispositivi di memoria secondaria, dispositivi di input/output (Hardware2-0405.pdf, 24 novembre)
  Cap. 4 del testo di base, par. 4.2, 4.3, 4.4 (testo A, Tecnologie dell'informazione e della comunicazione)
• Esercitazione 3 in laboratorio: Microsoft Excel - III parte (lucidi: LabExcel3.pdf) Argomenti:
  Analisi di tabelle contenenti grandi quantità di dati: il file di dati statistici MAPSTATS.xls
  1. COPIARE un foglio di lavoro da una cartella Excel all'altra
  2. FILTRI: uso di filtri automatici; calcolo di subtotali (f. SUBTOTALE); incolla speciale per valore
  3. FUNZIONI PREDEFINITE: ripasso delle funzioni MAX, MIN, MEDIA e CONTA.SE
  4. ESEMPI di APPLICAZIONE. Analisi dati Lazio: a partire dai dati statistici sulla popolazione dei comuni del Lazio calcolare massimo, minimo e media degli abitanti, somma totale dei residenti, dei residenti maschi e delle famiglie in ciascuna delle province della regione LAZIO, con l'uso del filtro; analisi dati provincia di Rieti: a partire dal sottoinsieme dei soli dati relativi ai comuni della provincia di Rieti, ricavare l'informazione sul numero di femmine e sulla prevalenza di maschi o femmine nei vari comuni.
• Esercitazione 4 in laboratorio: Microsoft Excel - IV parte (lucidi: LabExcel4.pdf) Argomenti:
  1. FREQUENZE: Calcolo di frequenze sui valori di elenchi; Frequenze cumulate calcolate usandola funzione CONTA.SE o la funzione statistica FREQUENZA; Frequenze in intervalli (non cumulate) calcolate: come differenza di frequenze cumulate o usando la funzione FREQUENZA modo array
  2. GRAFICI: Scelta del tipo di grafico; Inserimento valori sugli assi x e y; posizione valori sugli assi; legenda; titoli; scelta delle dimensioni e dei colori
  3. APPLICAZIONI: tabella delle frequenze cumulate e non cumulate sui residenti della provincia di Rieti; Grafico a istogramma per le temperature della citta' di bologna (dati tabella lez. 2). Grafico a torta per le percentuali di abitanti nelle province del Lazio (dat tabella lez.3). Grafico a dispersione per: 1 retta di equazione y=23*x+4; due rette: la precedente + retta di equazione y=-5*x+150 (tabelle dati lez. 1); equazione logistica. Grafico a linee per la funzione coseno (tabella dati lez.2).

• Informatica e biotecnologie (I parte - banche dati biologiche): introduzione alla bioinformatica, banche dati biologiche, sistemi di interrogazione, Entrez (BancheDatiBio-0405.pdf, 29 novembre)
  Sui testi di letture suggerite per la bionformatic: dal cap. 3 del testo 2 (Introduzione alla Bioinformatica di Lesk): leggete i paragrafi 3.1., 3.2, 3.3
  • Elenco di banche dati biologiche
• Basi di dati e DBMS: introduzione alle basi di dati e ai DBMS; organizzazione dei dati e problematiche affrontate da un DBMS; interrogazioni (Database-0405.pdf, 1 dicembre);
  Cap. 6 del testo di base (testo A, Tecnologie dell'informazione e della comunicazione).
  
• Esercitazione 5 in laboratorio: Microsoft Word (lucidi: LabWord5.pdf) Argomenti:
  Fondamenti di Word:
  1. FORMATTAZIONE del TESTO: inserimento di intestazioni e piè pagina, note a piè pagina, stili predefiniti e personalizzati, elenchi puntati e numerati
  2. INSERIMENTO di tabelle e grafici da FOGLI DI LAVORO Excel: incolla speciale cpme oggetti OLE
  3. TABELLE e IMMAGINI
  4. CREAZIONE DI SOMMARIO: automatico sulla base di stili predefiniti
  5. APPLICAZIONE: Formattazione del programma delle prime 5 lezioni di laboratorio.
  6. MATERIALE testo da formattare: copia e incolla (incolla speciale -> testo non formattato) in un documento word vuoto il testo sul file HTML ProgrammaNoFormat.htm. Modificate il testo formattandolo e inserendo gli opportuni elementi in modo che appaia alla fine in questo modo -> ProgrammaFormattato.pdf
  
• Esercitazione 6 in laboratorio: Ricerca su banche dati biologiche:
  1. Ricerca con il sistema di interrogazione Entrez: ricerca su banche dati di proteine; ricerca per parole chiave e uso di strumenti di ricerca avanzati: operatori booleani, history, funzione limits.
  2. Formati: Visualizzazione del dato biologico estratto i diversi formati: entry annotate, formato FASTA; download dei dati estratti nel formato desiderato.
• 3. APPLICAZIONE: ricerca di 3 proteine (alpha-catena & beta-emoglobinica cavallo; alpha-catena emoglobinica uomo); download delle 3 proteine in formato annotato e in formato FASTA; import dei dati in un foglio elettronico (lucidi: BioInfo6.pdf)

• Informatica e biotecnologie (II parte-Allineamento di sequenze): allineamento di sequenze (proteine e DNA), allineamento con gap, tecniche di allineamento globale vs locale, software in rete (Allineamenti-0405.pdf, 6 dicembre);
  Sui testi di letture suggerite per la bioinformatica: dal cap. 4 del testo 2 di (Introduzione alla Bioinformatica di Lesk) leggere iparagrafi 4.1., 4.4, 4.5, 4.6.
• Esercitazione FACOLTATIVA in laboratorio: Posta elettronica: creazione di una casella di posta elettronica personale presso un sito che offra un servizio di posta elettronica web-based (lucidi: usoEmail.pdf)
• Esercitazione in laboratorio 7: Programmi di allineamento:
  1. ALLINEAMENTO GLOBALE: allineamento globale di sequenze di amminoacidi (hba_human; hba_horse; hbb_horse) utilizzando l'algoritmo di Needleman-Wunsch: il programma di PAIRWISE ALIGNMENT su http://www.ebi.ac.uk/emboss/align
  1.bis Costruire un report in Excel: per gli allineamenti come indicato nei lucidi
  2. ALLINEAMENTO LOCALE: allineamento locale di sequenze nucleotidiche (a_pig.txt; a_human.txt) utilizzando il programma BLAST per la ricerca di zone di similarità locali, opzione bl2seq (align two sequences) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
  3. Uso di BLAST per la RICERCA su DB di sequenze SIMILI a una sequenza campione: sequenza campione (nucleotidi) in file pelliccia.txt; uso di nuovo il programma BLAST ma opzione blastn (nucleotide-nucleotide BLAST) da http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
  (lucidi: Bioinfo7.pdf).

• Reti di calcolatori: componenti principali delle reti; aspetti hardware: canali di comunicazione, topologie di reti, trasmissione analogico/digitale; il ruolo del modem; aspetti software: protocolli di rete; sistema operativo di rete; LAN e WAN; (Reti-0405.pdf, 13 dicembre).
  Cap. 5 del testo di base (testo A, Tecnologie dell'informazione e della comunicazione).
  Per la parte sulle reti locali (topologie) leggete sui testi di approfondimento: primi tre paragrafi del capitolo 6 del Console Ribaudo (Testo C).
• Internet: Struttura e funzionamento della rete Internet; protocolli di comunicazione della famiglia TCP/IP; Livello Network: IP, commutazione di acchetto, datagram, indirizzi IP e indirizzi simbolici, il ruolo del DNS; LIvello TCP; Livello Application: modello di interazione client-server (Internet1-0405.pdf, 13 dicembre );
  Cap. 6 del Console Ribaudo, paragrafo 6.4 sulle reti geografiche (Testo C, Introduzione all'informatica);
  • un link curioso: Warriors of the net, provate a scaricare il filmato (Il filmato completo dura 12:40min, ed è disponibile in varie lingue in formato mpeg); protagonisti del film animato: i pacchetti, i router...
• Servizi su Internet e protocolli del livello application: Principali servizi offerti da Internet: posta elettronica, FTP, telnet, WWW. Servizi e protocolli. Modello di interazione client-server: programmi client e programmi server. Il web: documenti ipertestuali sul Web; HTML, il linguaggio dei documenti web; HTTP, il protocollo di trasferimento dei documenti web; il browser: funzione, funzionamento, ruolo di applicativo client nel servizio di trasferimento di pagine web; motori di ricerca per documenti e immagini. La posta elettronica: mail client e mail server; SMTP, protocollo per la posta in uscita; Protocolli per la posta in entrata (IMAP, POP3)
  Cap. 2 del testo di base (Testo A, Tecnologie dell'informazione e della comunicazione); (Internet2-0405.pdf, 15 dicembre).
  L a parte sui protocolli del livello application la trovate sui testi di approofondimento: L'indicazione verrà inserita al più presto.

• link utili: Il pinguino digitale: è ora possibile vedere il filmato in streaming (Quicktime o Windows media Player)

Testi di RiferimenTo

1. A. Stacey S. SAWYER, Brian K. WILLIAMS, Tecnologie dell'informazione e della comunicazione, McGraw-Hill, 2002 (TESTO BASE)
2. B. D. SCIUTO, G. BUONANNO, W. FORNACIARI, L. MARI, Introduzione ai sistemi informatici - seconda edizione, McGraw-Hill, 2001
3. L. CONSOLE, M. RIBAUDO et. al. Introduzione all'informatica, Utet, 2005 -> è uscita la nuova edizione

LeTTure suggeriTe
per BioinformaTica

1. G. Valle, M. Helmer Citterich, M. Attimonelli, G. Pesole, Introduzione alla Bioinformatica, Zanichelli, 2003
2. Arthur M. Lesk, Introduzione alla bioinformatica, McGraw-Hill,2004.
3. L. HUNTER, Molecular Biology for Computer Scientists, scaricabile dal web del libro Artificial intelligence and Molecular Biology (chapter 1)
   

Per qualsiasi informazione contattatemi: patti@di.unito.it