CORSO DI LAUREA E DI DIPLOMA IN INFORMATICA
Università di Torino

Bioinformatica

(Laurea Specialistica in Scienze Biomolecolari)
(Laurea Specialistica in Neurobiologia)
Anno Accademico 2005-2006


Esami:
  • Per la preparazione dell'esame gli studenti devono scegliere di analizzare un articolo scientifico pubblicato sulle seguenti riviste (nelle annate dal 2000 in poi): Genome biology, Bioinformatics, Briefing in Bioinformatics, Omics, Bms Bioinformatics
    Esame orale: Date appelli scritti:
  • martedì 19 Dicembre 2006 ore 9:00 in Aula F (piano aule, Dipartimento di Informatica)
Docenti: Orario del corso:
  • Il corso si tiene il lunedì e il venerdì dalle 11 alle 13, e il mercoledì dalle 8 alle 10 presso il Dipartimento di Biologia Animale e dell'Uomo, Via Accademia Albertina 13.

03, 06, 17, 24, 27, 31 03 2006 (Botta)

03, 07, 10, 21 04 2006 (Botta)

08, 13, 20, 22, 29 03 2006 (Calogero)

19, 24, 26 04 2006 (Calogero)

Programma del corso (26 h teoria, 12 h esercitazioni):
  • Metodiche di allineamento di sequenze
    • Blast
    • Fasta
    • Wclustal
  • Teoria dei database
  • Metodiche di clustering:
    • clustering gerarchico,
    • k-way,
    • SOMs.
  • Metodiche di predizione
  • Analisi dell’espressione genica:
    • SAGE,
    • EST (expression sequenze tag),
    • microarrays. Microarrays: design sperimentale, normalizzazione ed analisi statistica dei dati di espressione (MAS 5, DCHIP, SAM, CyberT).
    • Data mining di dati di espressione:
      • estrazione ed analisi di dati da database biologici.
      • Data mining di letteratura scientifica.
  • Il progetto di sequenziamento del genoma umano.
  • Annotazione funzionale:
    • Gene Ontology (GO),
    • annotazione elementi regolativi (promotori, 5’UTR, 3’UTR)
      • identificazione di segnali regolativi in regioni promotrici.
      • geni ortologhi: loro funzione nell’annotazione funzionale.
  • Databases in ambito biologico, loro struttura e metodologie di interrogazione:
    • NCBI:
      • LocusLink
      • UniGene
      • Genome projects
    • RIKEN:
      • Mouse encyclopedia
    • KEGG:
      • Pathways metabolici
      • Pathways regolativi
    • GENECARDS
    • EBI:
      • ENSEMBLE.
  • Expression sequenze tags (EST).
  • Introduzione all'utilizzo del pacchetto R (Calogero - Botta)
    • Introduzione all'uso di programmi di data mining
Materiale usato a lezione: Libri di testo e consultazione:
  • G. Valle, M. Helmer Citterich, M. Attimonelli, G. Pesole: Introduzione alla Bioinformatica, Zanichelli, 2003.


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Administrator: wwwadm@di.unito.it Ultima modifica: Dec 11, 2006