CORSO DI LAUREA E DI DIPLOMA IN INFORMATICA
Università di Torino

Bioinformatica

(Laurea Specialistica in Scienze Biomolecolari)
(Laurea Specialistica in Neurobiologia)
Anno Accademico 2002-2003


Docenti: Programma del corso (26 h teoria, 18 h esercitazioni):

03 03 2003 (Botta, 2 h)

  • Teoria dei database

07 03 2003 (Calogero, 2 h)

  • Il progetto di sequenziamento del genoma umano.

10 03 2003 (Calogero, 2 h)

  • Analisi dell’espressione genica:
    • SAGE,
    • EST (expression sequenze tag),
    • microarrays. Microarrays: design sperimentale, normalizzazione ed analisi statistica dei dati di espressione (MAS 5, DCHIP, SAM, CyberT).
    • Data mining di dati di espressione:
      • estrazione ed analisi di dati da database biologici.
      • Data mining di letteratura scientifica.

14 03 2003, 17 03 2003 (Botta, 2+2 h)

  • Metodiche di allineamento di sequenze:
    • Blast
    • Fasta
    • Wclustal

21 03 2003, 24 03 2003 (Botta, 2+2 h)

  • Metodiche di clustering:
    • clustering gerarchico,
    • k-way,
    • SOMs.

28 03 2003 (Calogero, 2h)

  • Annotazione funzionale:
    • Gene Ontology (GO),
    • annotazione elementi regolativi (promotori, 5’UTR, 3’UTR)
      • identificazione di segnali regolativi in regioni promotrici.
      • geni ortologhi: loro funzione nell’annotazione funzionale.

31 03 2003, 04 04 2003 (Botta, 2+2 h)

  • Metodiche di predizione

07 04 2003, 11 04 2003 (Calogero, 2+2 h)

  • Databases in ambito biologico, loro struttura e metodologie di interrogazione:
    • NCBI:
      • LocusLink
      • UniGene
      • Genome projects
    • RIKEN:
      • Mouse encyclopedia
    • KEGG:
      • Pathways metabolici
      • Pathways regolativi
    • GENECARDS
    • EBI:
      • ENSEMBLE.
  • Expression sequenze tags (EST).

teoria+esercitazioni in laboratorio informatico (Botta - Calogero 18 h)

  • Introduzione alla programmazione in PERL: (Calogero - Botta)
    • comandi di base ed implementazione di robot.
Le lezioni di laboratorio si svolgeranno presso il Dipartimento di Scienze Cliniche e Biologiche, A.O.San Luigi - Via Regione Gonzole, 10 10043 - Orbassano (To), secondo il seguente orario:
  • 8, 10, 15 Aprile 2003 dalle 15 alle 18
  • 16 Aprile 2003 dalle 9 alle 12
  • 29 Aprile 2003 dalle 15 alle 18
  • 30 Aprile 2003 dalle 9 alle 12
Materiale usato a lezione: Libri di testo e consultazione:
  • G. Valle, M. Helmer Citterich, M. Attimonelli, G. Pesole: Introduzione alla Bioinformatica, Zanichelli, 2003.


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Administrator: wwwadm@di.unito.it Ultima modifica: Dec 16, 2003