CORSO DI LAUREA E DI DIPLOMA IN INFORMATICA
Università di Torino

Bioinformatica

(Laurea Specialistica in Scienze Biomolecolari)
(Laurea Specialistica in Neurobiologia)
Anno Accademico 2003-2004


Esami:
  • Per la preparazione dell'esame gli studenti possono scegliere di analizzare un articolo scientifico pubblicato sulle seguenti riviste (nelle annate dal 2000 in poi): Genome biology, Bioinformatics, Briefing in Bioinformatics, Omics, Bms Bioinformatics
Docenti: Orario del corso:
  • Il corso si tiene il lunedì e il venerdì dalle 11 alle 13 presso il Dipartimento di Biologia Animale e dell'Uomo, Via Accademia Albertina 13.
Programma del corso (26 h teoria, 12 h esercitazioni):

01 03 2004 (Botta, 2 h)

  • Teoria dei database

05 03 2004 (Botta, 2 h)

  • Metodiche di allineamento di sequenze

08, 12, 15, 19 03 2004, (Calogero, 2+2+2+2 h)

  • Il progetto di sequenziamento del genoma umano.
  • Analisi dell’espressione genica:
    • SAGE,
    • EST (expression sequenze tag),
    • microarrays. Microarrays: design sperimentale, normalizzazione ed analisi statistica dei dati di espressione (MAS 5, DCHIP, SAM, CyberT).
    • Data mining di dati di espressione:
      • estrazione ed analisi di dati da database biologici.
      • Data mining di letteratura scientifica.

22, 26, 29 03 2004, 02 04 2004 (Botta, 2+2+2+2 h)

  • Metodiche di allineamento di sequenze:
    • Blast
    • Fasta
    • Wclustal
  • Metodiche di clustering:
    • clustering gerarchico,
    • k-way,
    • SOMs.
  • Metodiche di predizione

05, 16, 19, 23 04 2004 (Calogero, 2+2+2+2 h)

  • Annotazione funzionale:
    • Gene Ontology (GO),
    • annotazione elementi regolativi (promotori, 5’UTR, 3’UTR)
      • identificazione di segnali regolativi in regioni promotrici.
      • geni ortologhi: loro funzione nell’annotazione funzionale.
  • Databases in ambito biologico, loro struttura e metodologie di interrogazione:
    • NCBI:
      • LocusLink
      • UniGene
      • Genome projects
    • RIKEN:
      • Mouse encyclopedia
    • KEGG:
      • Pathways metabolici
      • Pathways regolativi
    • GENECARDS
    • EBI:
      • ENSEMBLE.
  • Expression sequenze tags (EST).

teoria+esercitazioni in laboratorio informatico, 20, 21, 22, 23 04 2004 (Botta - Calogero 12 h)

  • Introduzione alla programmazione in PERL: (Calogero - Botta)
    • comandi di base ed implementazione di robot.
Materiale usato a lezione: Libri di testo e consultazione:
  • G. Valle, M. Helmer Citterich, M. Attimonelli, G. Pesole: Introduzione alla Bioinformatica, Zanichelli, 2003.


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Administrator: wwwadm@di.unito.it Ultima modifica: Feb 14, 2005